哪位专家能提供一些专业而科学的方法？感激不尽。

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楼主的问题似乎没有针对性
是问的大型网站类项目的开发还是以运营为主呢？

目前，网站类项目开发如果是有专门部分（或组织）承揽，那么关键是项目建立过程中与客户的沟通及反馈的问题了，典型的有V-type的项目设计流程图，楼主可以研究下。

至于，网站管理，个人的经验不多。
运营风险最主要的无非是用户流失（这个要求网站定位准确，没有人感兴趣的网站没人会想建立）和政策风险（再好的网站，一旦国家老大说不合规矩，也只有删除的份了（唔，或者也可以采用游击战术，经常换域名和IP。。？））
还有就是用户资料方面，看资金程度，决定是否需要几个备份的服务器（Linux或Unix的服务器为主，至于服务器位置，也是需要考量的），并选取相应的安全软件来作为资料安全保护用。
另外，还有管理人员的误操作问题。

所谓分析，无非就是把各类风险列出来，并逐一量化，将它们和成本之间联系起来，制图，选择成本和风险曲线中的低点即可。

呃，具体的软件，个人了解的不多， 可以查找下risk analysis的软件，唔，这方面英文的软件很多，需要楼主筛选下它的面向对象（范围）了
个人觉得，学习成本比较大，如果没有认识有人精通这类软件，还是不要轻易使用的好

科学管理方法.（这个本人了解不多，见谅）
其实网站管理中比较关键的还是应对的时限，建立一个（或多个）小组（包含不同职业），能够在故障（或其它事故）发生时第一时间内处理事故即可。

不知道以上回答是否有用呢？ ^-^