在传统项目管理理论中（无论IPMP，还是PMP），对于矩阵管理主要强调如下优点：有效利用资源；职能所有专业知识可供所有项目使用；促进学习、交流知识；沟通良好；注重客户。主要强调如下缺点：双层汇报关系；需要平衡权力。

然而在实际运作中，由于指令体系、利益格局以及冲突处理机制上存在巨大的不稳定性，导致相当部分按照此种架构进行的项目运作不佳。试析如下：

1、指令体系

在矩阵管理模式下，项目成员可能接收到两个或两个以上不同上级发出的指令，来自于项目主管和职能主管，以及其他指令发出者。这些指令从理论上讲其出发点都是为了整体目标来下达的，而事实上由于所处角度、地位、具体目标的差异，这些指令在一定时间和空间上是互相冲突的。当指令接收者面对两个可能方向不同的指令时，他的判断和行动无疑会受到迟滞，甚至会由于这种困惑导致不作为以及混乱作为。这种情况下指令所产生的行动力会衰减，也可以说这种体系会导致行动力失效。

2、权力利益格局

权力利益格局在维持一个组织体系中起着非常重要的作用，而在矩阵管理模式下权力利益格局以一种交叉方式存在，权力利益的界定在实际运作中难以准确界定，由此导致的责任、权力、目标、绩效、利益等主要指标边界定义模糊，出现问题推诿扯皮的现象油然而生。

3、冲突处理机制

任何组织形态中都会存在冲突，但在矩阵管理模式下其解决的方式效率极为低下，即使是一些芝麻绿豆的小冲突，通常情况下都需要组织内最高决策者进行裁断、平衡。这样造成问题处理过程拖沓冗长，组织运作难以有效进行。