1、管理行为的差别
从《合同法》角度分析，在政府投资建设的工程中，工程建设管理企业与业主签订合同，形成委托代理的关系，所以完全以自身的名义完成工程建设及其管理，业主有权利提出需求及进行审核；而工程项目管理企业（如设计、勘察、监理、施工等企业）与业主之间基本上没有形成直接的委托代理关系，其合同是与业主委托的工程建设管理企业签订。
2、业务范围的差异
管理行为的差别决定了业务范围的差异。管理行为的性质决定了工程建设管理企业为业主所提供的服务，从深度来说，贯穿了从可行性研究分析至保质期结束的工程建设全过程，从广度来说，包含了工程建设全过程中各种建设项目的管理，如设计管理、勘察管理、施工管理等；而工程项目管理企业只是通过与工程建设管理企业签订合同，间接地为业主提供单个或几个建设项目的服务，深度也由其服务项目决定是否能够贯穿工程全过程。
3、职责划分的区别
工程建设管理企业代理范围是工程建设全过程，在合同许可的范围内，代替业主行使项目法人的权力，并承担相应的管理责任，业主对其进行结果控制；而工程项目管理企业因为没有与业主形成委托代理的关系，所以在工程建设过程中的决策权在于业主或业主委托的工程建设管理企业，无需承担管理责任，业主对其进行过程控制。