当初确实调研过这个问题，阅读了微软的文档，并请教了微软的一个工程师。但我也没时间有进行过实际的测试，以下是我的建议：

如果备份的话，只备份你所说的几个数据库就可以了。备份应尽量保持同步，但据说不是很好的同步的话，问题也不大。微软手册上是用编程来保证同步的，可以参考。
但如果是迁移的话，最好是只备份Project Server数据库、WSSconfigDB、STS_XXXXXX_X（WSS内容数据库），然后在另一台恢复。但另一台的Project Server和WSS需要重装，而且重新安装的时候需要有一个注意的地方，在微软的手册中有。

手册名称： Project Server 2003 Disaster Recovery Guide 建议你先仔细阅读这个手册。毕竟这个是权威的，而我说的这些，我自己都没有试过，仅供参考。