挣值法可以有效地对复杂的项目加以监控，但是该项重要技术还没能得到非常有效的使用，究其原因，除了使用者的主观原因之外，挣值管理方法体系中确实存在着一些缺陷：
（1）难以给出有效的项目分解
Fleming&Koppelman(1999)指出：“挣值法”应用的第一个困难是WBS，如果工作被分解为多个小工作包，为收集数据将必须付出高额的资金和处理大量的数据（Fleming&Koppelman,Earned Value Project Mangement.2nd,Newton Square:Project Management Institute,1999）。除了成本问题，有效的项目分解也存在技术上的难题，项目按估价体系来分解的成本结构与按计划体系分解的工序结构，在两者之间存在着相当大的差异，前者主要考虑工程量计算和财会原则，而后者主要考虑工序的时间顺序和工艺逻辑原则，各自有各自的任务和特点，不能相互吻合。解决这一矛盾需要建立项目分解的层次结构，它必须能兼顾骨架体系和计划体系的特点，并考虑组织机构的实际情况，以便在工序单元和成本单元之间确立一个相互联系的框架。
（2）进度与成本联合管理的实现还取决于数据采集系统的效率
进度与成本联合管理的实现，还取决于数据采集系统的效率，即要有一个有效的工序台账系统和完成工程量测定和报告系统。这里需要解决数据系统的精度和效率之间的对立统一，计算机的应用大大提高了监控的精度和效率。然而，精度依赖于大量数据的采集和分析，这对项目管理人员势必是一种沉重的负担，它不仅会影响管理系统的效率，而且还会使管理人员感到厌倦，甚至导致放弃监控的努力。成本、进度监控系统和会计系统各不相同，他们有各自不同的任务。所以，掌握适当的监控精度，确保必要的监控效率，也是一个重要的实际问题。
（3）对已完成工作量的有效度量
挣值度量的准确性以及挣值分析的可信度依赖于对工作完成程度的可靠度量，所以，对工作产出成果的度量对挣值分析来讲是非常重要的。
首先，合理安排度量时间点是有效度量的基础。许多项目对产品的进度度量以最终实现产品角度而不是中间活动来审视进度情况。只有整个单元成功完成，我们才能获取项目的价值(不会去部分认可)。如研发项目，在实验过程中很难预料本次实验的成功与否。这样的项目如果按照一般固定间隔期去测定工作量，大部分的时间点将会位于项目活动完工期间，也就无法度量，或结果不可靠。此时，基于功能点或里程碑的工作量的度量才更加合理。
其次，当单元工作之间的难度有明显差异时，赋予的权重仍然是相同。这样以来，如果首先完成的都是简单单元，则测量结果会和真实情况差别较大。如，软件项目的进度，一个程序员原来估计他每周写100000行编码，而他实际只写了80000行，那么他的任务完成了80%了吗？也许他改进了一种算法完成了预计的功能，也许只是完成了较容易的设计，而关键突破并没有实现，这样根本不算完成80%的工作。
还有，对比较大的单元工作量完成程度的估计是件很难做到准确的事情。如果工作结构分解不合理，或者有些较大的工作单元无法细分时，往往是成本或进度监控的难点。
总之，如果基础数据不准确，挣值分析的结果的可信度就不会很高。因此，需要对工作量的计算方法进行详细分析和研究，针对项目特点明确度量困难的症结所在并寻找解决方案，
（4）对事先没有规划的活动，挣值不能提供任何进度方面的信息
因为对一个没有规划的活动，基线工作量为零，因此挣值也是零。对于灵活多变的项目，或事先很难预料项目具体工作活动内容的项目，项目进展过程中临时出现的任务会扰乱整个管理工作，此类问题在软件项目中尤显突出。如果直接将其估算的总工作量和已完成工作量添加到挣值分析中是不合理的。但是，如果对该活动不进行考虑，它可能会影响到以后的进度和整个项目完成工期。
（5）挣值管理方法忽略了许多重要的细节
挣值管理方法是把项目作为一个整体进行分析，不去考虑项目的WBS中的活动或工作包，也没有去关注WBS上的任务或者工作包之间的时间逻辑关系。当项目WBS中的二级(或以下各级)子项目中有些工作进度极不均衡，如：有些工作进度拖后使获得的挣值(BCWP)小于计划成本(BCWS)，而有些工作进度提前使获得的挣值大于计划成本，只要累加得到的整个项目获得的挣值比计划成本大，根据传统挣值法理论的计算，就可以在表面上获得良好的项目绩效评价报告,而工作的实际进度执行情况却没有得到如实反映。
（6）挣值管理方法没有区分关键路径和非关键路径
关键路径和非关键路径在项目监控中处理是不一样的，关键路径是项目进度管理的重点，控制不当会直接影响其后的工作，应当予以重点监控，而对于非关键路径，浮动时间和资源足够完成该活动的情况下，而不影响关键路径上的工作，其控制可以适当放松，挣值法仅仅给出整体工作完成情况，纠偏时无法进行重点管理。
挣值法是一种管理方法，也是一种计划-跟踪-纠偏的管理思想，挣值法的实施需要有软件平台做基础。P3E/C软件就是很好的载体，其强大的网络计划编制能力与内嵌的挣值模块，使得挣值法可以顺利实施，并补充挣值法的不足之处。