如果是自定义项目网站模版，微软建议的做法及步骤是：
议使用一个普通的Microsoft Office Project 工作环境网站。您可以在SharePoint网站上按照下面的方式创建这样的一个网站：

1. 单击 网站操作 > 创建。
2. 单击 网站和工作区。
3. 选择 协作 模板卡下的 Microsoft Office Project 工作环境。

然后保存此网站作为模板。

同时，您可能需要用到以下方法删除已经创建的工作环境网站以及清除链接到项目的记录。

1. 首先确认 服务器设置 > 项目工作环境 页面没有项目工作环境网站的URL。

2. 使用下面的方法删除项目工作组网站：
a. 登录到服务器。
b. 打开命令提示符并且定位到下列目录：C:\Program Files\Common Files\Microsoft Shared\web server extensions\12\BIN
c. 运行下面的命令
stsadm -o deleteweb -urlhttp://ServerName/PWA/Project1
注意：将URL替换成相应的项目工作环境的URL。按照上面的命令删除不需要的工作环境网站。

3. 使用下面的SQL查询语句删除项目工作组网站和项目的关联：
a. 打开SQL Server Management Studio，连接到数据库服务器。
b. 在Project Server的Published数据库上右键选择 新建查询。
c. 复制下面的查询语句：
----------
UPDATE [MSP_PROJECTS]
SET [WPROJ_STS_SUBWEB_NAME]=NULL
,[WSTS_SERVER_UID]=NULL
,[WPROJ_ISSUE_LIST_NAME]=NULL
,[WPROJ_RISK_LIST_NAME]=NULL
,[PROJ_TOTAL_DOC_COUNT]=0
,[PROJ_ACTIVE_ISSUE_COUNT]=0
,[PROJ_ACTIVE_RISK_COUNT]=0
,[WSS_PWA_ADMIN_ROLE_ID]=NULL
,[WSS_PWA_PROJECT_MANAGER_ROLE_ID]=NULL
,[WSS_PWA_TEAM_MEMBER_ROLE_ID]=NULL
,[WSS_PWA_READER_ROLE_ID]=NULL
WHERE [PROJ_NAME]='project1'
OR [PROJ_NAME]='project2'
OR [PROJ_NAME]='project3'
----------
注意：将最后三行的project1，project2，project3替换为您环境中实际的项目名称。