首先这里有两件事，1. 项目经理迟到， 2. 项目经理失职。 两件事应该分开处理。

对于迟到的事情，部门经理只需要对事实经过描述，不加任何感情因素的言语文字，不对情况做判断。行政部或总经理如何评判他的迟到是他们的事，完全不用部门经理做任何判定。

对于第二件事情看这个公司属于职能型还是项目型，或着矩阵型。如果是项目型或者矩阵型，部门经理可在将来项目关闭阶段适时提出。如果是职能型，部门经理应该及时向总经理汇报整个过程，并且提出个人观点和想法。部门经理可以借此树立威信，把握机会。